何のために利用するのか分かりませんが、リレーログが自動削除されないようにするパラメータがあります。
relay_log_purge=0
通常は処理されると自動削除されていくので、もしログが消えない現象に遭遇した場合は調べてみてはどうでしょうか?
有効にする時ですが、現在の状態がOFFになっているとすれば、次の方法で動的に変更可能でした。
ただ少し時間がかかるときがありました。
mysql> SET GLOBAL relay_log_purge = 1;
mysql> FLUSH LOGS;